Η ΑΝΕΜ έχει αναπτύξει ισχυρούς δεσμούς με τους αναπτυξιακούς και επιχειρηματικούς φορείς της Κεντρικής και Δυτικής Μακεδονίας, οι οποίοι και τη δημιούργησαν.
Το 2001 η ΑΝΕΜ δημιούργησε με το ΚΕΠΑ την εταιρεία ΚΕΠΑ-ΑΝΕΜ για το σχεδιασμό, υλοποίηση και εφαρμογή προγραμμάτων για τις Μικρομεσαίες Επιχειρήσεις της Κεντρικής και Δυτικής Μακεδονίας στο πλαίσιο του Γ’ ΚΠΣ 2000-2006 και ειδικότερα του Επιχειρησιακού Προγράμματος Ανταγωνιστικότητας (ΕΠΑΝ).
Επίσης από το 2009 η ΑΝΕΜ λόγω της εταιρικής συμμετοχής της στην ΚΕΠΑ-ΑΝΕΜ, συμμετέχει στον ΕΦΕΠΑΕ στον οποίο η ΚΕΠΑ-ΑΝΕΜ έχει τη χωρική και επιχειρησιακή ευθύνη στις Περιφέρειες της Κεντρικής και Δυτικής Μακεδονίας. Ο ΕΦΕΠΑΕ σε συνέχεια της διαχείρισης των δράσεων και προγραμμάτων του ΕΠΑΝ ΙΙ (ΕΣΠΑ 2007-2013) έχει αναλάβει στην παρούσα προγραμματική περίοδο του ΕΣΠΑ 2014-2020 ως Ενδιάμεσος Φορέας Κρατικών Ενισχύσεων του ΕΠΑνΕΚ.