Στη διάρκεια του Β’ ΚΠΣ 1994-1999 η ΑΝΕΜ διαχειρίστηκε επιτυχώς προγράμματα για την ενίσχυση των Μικρομεσαίων Επιχειρήσεων στο πλαίσιο των ακόλουθων Επιχειρησιακών Προγραμμάτων και Κοινοτικών Πρωτοβουλιών:
- Επιχειρησιακού Προγράμματος Βιομηχανιας (ΕΠΒ).
- Κοινοτικής Πρωτοβουλίας για τις ΜΜΕ (ΚΠ ΜΜΕ).
- Περιφερειακού Επιχειρησιακού Προγράμματος Κεντρικής Μακεδονίας (ΠΕΠ ΚΜ).
- Κοινοτικής Πρωτοβουλίας INTERREG (ΚΠ ΙΝΤΕRREG).