Η ΑΝΕΜ διοικείται από πενταμελή Διοικούσα Επιτροπή.
Της Διοικούσας Επιτροπής προεδρεύει ο πρόεδρος της ΑΝΕΜ, ο οποίος είναι ο εκάστοτε πρόεδρος του ΚΕΠΑ, και εκλέγεται κάθε δύο χρόνια σύμφωνα με το καταστατικό της εταιρείας.
Ο Διευθύνων Σύμβουλος της ΑΝΕΜ προϊσταται των Διοικητικών Υπηρεσιών και της Διαχείρισης των Προγραμμάτων που αναλαμβάνει η ΑΝΕΜ. Διευθύνων Σύμβουλος της ΑΝΕΜ είναι ο Γ.Δ. της ΚΕΠΑ-ΑΝΕΜ κ. Σπύρος Σκοτίδας.
Σύνθεση Διοικούσας Επιτροπής ΑΝΕΜ
- Θωμάς-Φωκίων Αλγιανάκογλου, Επίτιμος Πρόεδρος ΣΕΒΕ, Πρόεδρος
- Ιωάννης Μασούτης, Πρόεδρος ΕΒΕΘ, Αντιπρόεδρος ΑΝΕΜ
- Ιωάννης Κουφίδης, Πρόεδρος Επιμελητηρίου Χαλκιδικής, Μέλος
- Αθανάσιος Μαλλιαράς, Πρόεδρος Επιμελητηρίου Σερρών, Μέλος
- Χαράλαμπος Καραταγλίδης, Πρόεδρος Επιμελητηρίου Καστοριάς, Μέλος